1971年，因与林的密切相关，程世清被撤职防护核查，接着被开除党籍。1978年10月，程世清被拘捕。1982年1月，由于改革有功功率，而且年逾古稀，他被可免于提起诉讼，回福州市以退休解决。回福州市后，机构上为他布置了住宅，每个月按时派发生活费，生活宁静安心。2008年4月29日，程世清在南昌市去世，寿终90岁。